Profesional español que empezó en las categorías inferiores del Real Madrid como mediocentro, debido a su gran talento Javier logró ascender con el Málaga Club de Futbol a la segunda división española en el año 98, para posteriormente dar el salto a las filas del C.D. Badajoz. En 1999 viaja a Argentina fichado por el San Lorenzo de Almagro convirtiéndose en el primer jugador español de la era moderna en jugar en la liga de Argentina. Después de jugar en Brasil se convierte en el fichaje mas caro del Dundee CF, Club Escoces donde jugaría por tres temporadas. En su última temporada Javier se vio obligado a retirarse de los terrenos de juego tras detectarle esclerosis múltiple, sin embargo, esto no le paro para seguir cosechando éxitos fuera de los terrenos de juego.